האדם הראשון שערך ברית מילה בעקבות ציווי האל, היה אברהם אבינו שמל את עצמו בעקבות ציווי של ה':

"זֹאת בְּרִיתִי אֲשֶׁר תִּשְׁמְרוּ בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם וּבֵין זַרְעֲךָ אַחֲרֶיךָ, הִמּוֹל לָכֶם כָּל זָכָר"
-בראשית י"ז 10.

ברית המילה, כפי שהיא מתוארת במקרא היא ברית הדדית בין האל לאברהם אבינו ולבניו. אברהם אבינו מל את עצמו והאל מבטיח לאברהם להיות לו לאלוהים, להרבות את זרעו ולתת לו את ארץ כנען (שם, 6-8). מצוות ברית המילה חלה לא רק על יצחק בנו של אברהם, אלא על כל צאצאי אברהם אבינו הזכרים בכל הדורות. ואכן, בתורה מתועדים עוד טקסי ברית מילה: כאשר אברהם מל את עצמו ואת ישמעאל בנו, ברית מילה לאנשי העיר שכם, ברית מילה לבנו של משה רבנו על-ידי אִמו ציפורה וברית המילה שערך יהושע בן-נון לכל הזכרים לקראת הכניסה לארץ ישראל.

עם ישראל, בכל התפוצות, המשיך לקיים מצווה זו ולמוּל את בניו. בחלוף הזמן הפכה ברית המילה לביטוי מרכזי של הקשר בין עם ישראל ובין אלוהיו. בתקופת החשמונאים (המאה ה-2 לפני הספירה) הפכה ברית המילה לסמל המייחד את עם ישראל משאר האומות ונקבעה כאחד מהחלקים החשובים שעובר כל אדם הבוחר להתגייר. בתקופת החשמונאים גם הוגדרו הלכות נוספות בעניין ברית המילה ולמעשה בימים ההם התגבשה ברית המילה לטקס כפי שאנו מכירים אותו כיום, כולל הקביעה כי מתן השם לתינוק יהיה במועד ברית המילה.

כבר בתקופת החשמונאים היו מוהלים מקצועיים שהתמחו בביצוע ברית מילה במקום אב התינוק, כך ניתן ללמוד מעדויות שהשתמרו מתקופה זו.

ברית מילה – מסירות מול קושי ומחלוקות הלכתיות

היו גם תקופות קשות לעם היהודי, מאז העת העתיקה, בתקופת גזירות היוונים ועד ימי הביניים, תקופות אפלות שבהם נלחמו היהודים על זכותם לקיים את מסורת אבותיהם לערוך ברית מילה, זאת מול איסורים וגזירות של שלטונות שונים שנחקקו כנגד ברית המילה, וכנגד סמלים יהודיים אחרים.

ואכן, בכל תקופה אפלה שכזו, מסרו יהודים את נפשם על ביצוע ברית מילה כסמל ללכידותו של העם היהודי וכאות להמשך קיומה של הברית הקדומה. במאה ה-19 באשכנז, התגלעו מחלוקות בין פוסקי ההלכה בעולם היהודי דאז בנוגע לאופן הביצוע של ברית המילה מול התפתחויות בידע הרפואי והפיזיולוגי. עיקר הדיון נסוב סביב אופן הטפת הדם ממקום הברית ("מציצה") והשלכות הפולמוס מגיעות עד ימינו אנו.